Проект «Сквозные программы» заработал в 1998 году и продолжился свыше 10 лет. С этого времени наряду с традиционными образовательными программами в Центре начали действовать, так называемые «сквозные» программы – интегрированные, проблемно-тематические программы совместной деятельности детей и взрослых.
Тематика их была самая разнообразная и в разное время актуальная для развития учреждения. Это «Одаренные дети», «Дошкольники», «Здоровье», «Культура», «Компьютеризация», «Реабилитация», «Научное творчество детей», «Педагогический клуб», «Наша история и другие». У каждой программы был свой план мероприятий на год, в которых могли участвовать ребята из различных объединений.
Сквозные программы дали импульс развитию многих направлений работы. Программа «Дошкольник» дала старт созданию одноименной студии. Из программы «Научное творчество детей» выросла областная конференция, а в программе «Наша история» была придумана летописная книга «Это наша с тобой биография».
