В Центре в 2025 году работают семь отделов.
Это отдел технического творчества, который был создан еще в 1970 году. Первый его руководитель – Евгений Попов. В разные годы отделом руководили Борис Хрусталёв, Тамара Гордеева, Сергей Рыжов, Виталий Абрамов, Наталия Поздина.
Главное направление деятельности детских объединений отдела – развитие у детей технического мышления и творчества, способности к изобретательству и конструированию.
Сейчас в отделе работают коллективы: Компьютерный класс, «Конструирование и робототехника», «СуперДетки», «Легоконструирование», «Программирование», «Перекрёсток», «МотоПрофи», Студия кино и телевидения, фотостудия «Снимай», объединение интеллектуальных игр «Big Brain», «Лаборатория безопасности». На базе отдела действует ресурсный центр «Профилактика детского дорожно-транспортного травматизма». Руководитель отдела – Ирина Суханова.
Отдел художественно- эстетического творчества – также один из первых отделов Центра. До начала 2000-х он назывался «Отдел художественного воспитания». А затем получил свое нынешнее название. Им руководили сначала Валентина Процких, затем Гельгиня Гайнуллина, Наталья Румянцева и Дмитрий Хорев.
Отдел традиционно является самым многочисленным по количеству детей и педагогов, поскольку в нем сосредоточены многие коллективы художественной направленности Центра. На сегодняшний день здесь работают: хореографический коллектив «Забава», хореографический коллектив «Колибри», клуб спортивного танца «Альянс», коллектив современного танца «76 РЕГИОН», объединение «Умелая иголочка», Школа юного модельера «Стиль» изостудия «Линия», арт-студия «Синяя птица», театр «Луч», объединение «Светлячок». На базе отдела действует ресурсный центр «Развитие художественно-эстетического творчества в системе образования Ярославской области». Руководитель отдела – Ольга Суворова, лауреат премии губернатора Ярославской области в сфере образования.
Отдел экологического образования работает в Центре детей и юношества с 2009 года, когда Детский эколого-биологический центр был включен в структуру учреждения. Отдел реализует образовательные программы самого разного профиля естественнонаучной направленности: по генетике и ботаники, цветоводству и основам флористики, ментальной арифметики и химии, и, конечно же, экологии. В отделе широко ведется исследовательская и проектная деятельность.
На базе отдела действует ресурсный центр «Экологическое воспитание школьников», а также экостанция и детский ботанический сад. Руководитель отдела – Ирина Минеева, почетный работник общего образования РФ.
Отдел музыкального образования был создан в 2019 году путем объединения двух студий: хоровой студии «Аллегро» и эстрадно-джазовой студии «A&Б». Руководитель отдела – Алла Герберг, заслуженный учитель РФ.
Отдел творческих и социальных инициатив начал свою работу в 2020 году. В его составе работают педагоги-организаторы, педагоги дополнительного образования, методист, звукооператор, редакторы и системные администраторы. В отделе действуют три детских объединения: Проект-студия «МАЯК», Медиацентр и объединение «Графический дизайн». На базе отдела открыты два ресурсных центра – «Комплексное сопровождение физкультурно-спортивной деятельности образовательных организаций Ярославской области», и «Сопровождение деятельности образовательных организаций Ярославской области по реализации детско-юношеских инициатив». Руководитель отдела – Дмитрий Хорев, лауреат премии губернатора Ярославской области в сфере образования.
Также структурным подразделением Центра с 1994 года является спортивный клуб «Ареналь», которым руководит Юрий Пузанов. В клубе работают объединения «Дзюдо», «Карате», «Художественная гимнастика», «Ушу», Школа коррекции осанки.
В состав отделов входит и детская образовательная студия «Дошкольник». Она открыта в 1996 году. Руководителями студии были Валентина Воронина и Екатерина Чирикова. Сейчас руководит студией Елена Беляева.
