10 июля 1992 года учреждение получило новое название – областной Дворец пионеров был переименован в государственное предприятие Ярославский областной центр работы с детьми и юношеством.
В 1998 году появляется нынешнее его название. Центр был преобразован в государственное учреждение дополнительного образования Ярославской области «Центр детей и юношества».
Было еще несколько дополнений к названию: в 2002 появилось слово «образовательное», в 2010 – «автономное». Название в его сегодняшнем виде было установлено 31 декабря 2015 года.
