С 2024 года в Центре действует Экостанция. Это новый уникальный образовательный формат экологического образования и просвещения детей и молодежи в области естественных наук.

Экостанция учреждения реализует дополнительные программы по направлениям «Агро», «БИО», «Лесное дело»: «Цветоводство и основы флористики», «Аранжировка цветов», «Детский ботанический сад», «Первые шаги в науку: экспериментальная ботаника», «Мир генетики», «Флористика», «Юный эколог», «Лесная школа». Часть программ реализуется в сетевой форме по соглашению с Ярославским зоопарком в рамках проекта «Школа счастья».

Образовательное пространство Экостанции включает в себя детский ботанический сад, лабораторию, учебный класс, зимний сад.

Методическое сопровождение работы Экостанции ведет старший методист отдела экологического образования Светлана Винник.