Детский ботанический сад располагается на территории, прилегающей к Центру, и занимает земельный участок площадью 0,033га. Свой статус он получил в 2022 году, зарегистрирован в реестре Сети детских ботанических садов РФ под номером 37. Его работу координирует заведующая сектором декоративного садоводства отдела экологического образования Зоя Сатина.
В детском ботаническом саду с просветительской, образовательной, а также научно-исследовательской целями культивируются, изучаются и демонстрируются коллекции живых растений из разных частей света и различных природно-климатических зон. Это декоративный сад, демонстрирующий разнообразие культурных и дикорастущих растений и способы их группировки на небольшой территории.
Планировка сада была сделана в 2007 году, в ее основу положены принципы садового дизайна, а растения сгруппированы с учетом их декоративных качеств. Коллекция сада была создана на основе набора цветочно-декоративных растений, произраставших на учебно-опытном участке Детского эколого-биологического центра, расположенного до 2007 года в районе площади Челюскинцев. В данный момент коллекция насчитывает 30 видов деревьев и кустарников и 95 видов цветочных культур.
Коллекция предназначена для демонстрации разнообразия и особенностей жизненных форм растений в зависимости от родины растения и сорта с акцентированием внимания на декоративных качествах растений. Она является наглядным материалом для занятий по ботанике, биологии, экологии, дендрологии и экскурсий и исходным материалом для практических работ по агрономии, ландшафтному дизайну, флористике и аранжировке цветов.
По саду в теплое время года проводятся экскурсии для обучающихся и гостей Центра, а еще там любят проводить пленэры юные художники.
В разные годы в создании учебной базы детского ботанического сада участвовали педагогические работники отдела экологического образования, а также садовники: Нина Багрова, Анна Белокурова, Ольга Михальцова, Татьяна, Машьянова, Марина Белькова, Наталья Датская.
